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有机肥料亦称"农家肥料"。凡以有机物质(含有碳元素的化合物) 作为肥料的均称为有机肥料。包括人粪尿、厩肥、堆肥、绿肥、饼肥、沼气肥等。具有种类多、来源广、肥效较长等特点。有机肥料所含的营养元素多呈有机状态，作物难以直接利用，经微生物作用，缓慢释放出多种营养元素，源源不断地将养分供给作物。施用有机肥料能改善土壤结构，有效地协调土壤中的水、肥、气、热，提高土壤肥力和土地生产力。
随着对有机肥发酵研究的深入，沼肥在鱼类中的应用也越来越广，利用发酵后的沼肥作为水产养殖的肥料，可有效改善养殖水体水质，并提高鱼类产量。在常规池塘清塘后，每亩施加500千克沼肥作为基肥，主养鱼为鲢、鳙，并适量搭配草鱼、鲤鱼、虾蟹和螺蛳等杂食性鱼类，其中鲢鳙占70％，草鱼占25％，其余占5％，螺蛳投放量为30～40千克/亩。
养殖期间，根据水色适时施追肥，施加量150～200千克/亩。最终养殖效益表明，以沼肥养鱼，可有效改善鱼类生活环境，减少人工增氧费用，且大大降低了养殖鱼类疾病的发生。
在水产养殖中，液体生物有机肥利用蚯蚓和蝇蛆处理畜禽粪便，再用水溶解蚯蚓粪和蝇蛆粪中的可溶性成分，最后再添加无机成分得到的。试验鱼为鲢鱼和草鱼，初始体重分别为0.12千克和0.14千克，放养量分别为900尾和200尾，其中对照组采用尿素、碳酸氢铵、过磷酸钙体积比为1：2：2的混合肥料进行养殖，试验组采用液体生物有机肥进行养殖。经一定时间养殖试验后，试验组草鱼和鲢鱼存活率相比于对照组分别提高2.0％和8.5％，且最终产量分别增加了68千克、44千克。
近年来，也有学者对有机肥作为饲料进行了探索。农作物秸秆是农村中较为常见的一种有机肥资源，但由于大多数人对这种另类资源缺乏认识，许多秸秆直接被焚烧处理，造成严重浪费且污染了环境。
农作物秸秆鸡粪作为鱼类饲料，试验饲料采用30％秸秆粉、30％鸡粪、20％菜籽粕和20％玉米粉混合均匀后发酵，后在发酵料中加入3％的鱼粉和黏合剂，最后制粒而成。其试验分为两组，试验组间断采用配合饲料和试验饲料饲喂，对照组均采用配合饲料进行饲喂，试验鱼为鲤、鲫、鲢、鳙鱼混养，放养规格分别为150、50、200、400克／尾，数量分别为1650、1800、330、180尾，试验结束后，试验鱼塘鲤鲫鱼净增产1730千克，鲢鳙鱼增产560千克，而对照组鲤、鲫鱼净增产1878千克，鳙鱼增产560千克。
可见使用试验饲料与全价饲料饲喂的鱼类体重增长相差不大，但由于试验饲料原料价格便宜，每生产1千克鱼使用试验饲料比全价饲料节省成本1.26元。因此此方法可以进行推广，但使用试验饲料，投饵量相对较大，养殖水体易恶化，在养殖过程中应多加注意。
由于干鸡粪中蛋白质含量高，达到25.0％，干鸡粪中还含有5.0％的钙和2.1％的磷，且其中氨基酸种类丰富，维生素和微量元素含量也较多，是有机肥中可作为鱼类饲料的首选原料。利用鸡粪进行试验，探讨鸡粪发酵制作鱼饲料的技术，其鸡粪制作饲料的整体思路为收集新鲜鸡粪，利用草粉调节鸡粪湿度，加入麸皮等一系列营养物质，后加入发酵剂密封发酵，最后将发酵鸡粪晒干后与玉米粉、油渣和食盐混合进行制粒。最终饲料成本相比配合饲料节省一半。
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