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有机水产养殖，作为一种较为生态的养殖方式，不仅可以解决现阶段较为严重的食品安全问题，同时还可以对生态起到一定的保护作用。相比于传统的养殖方式，其具有的优势体现在各个方面。
在传统水产养殖过程中，由于饲料投喂或其他养殖操作不科学会对水体造成一定的污染。通过进行调查可以发现现阶段主要存在的污染源种类较多，但总体而言有以下几种。首先是固体物质在水体底层沉积造成的水体污染。传统养殖方式在进行养殖过程中并不注意固体物对水体造成的污染，尤其是在一些降水较多的地区，雨水冲刷造成大量泥沙进入养殖区域。
长时间泥沙沉积造成池塘水体整体上移。同时泥沙在进入水体过程中往往裹挟这有害物质，造成水体污染严重。其次是是营养过剩造成的水体污染。在传统水产养殖过程中，对饲料进行投喂过程中，没有科学方法进行控制，对于投喂量的多少主要靠经验进行。因此有些养殖者错误的认为只要投喂量足够多获得的水产品产量就会提高。
在这种错误思想的指引下加大了饲料投喂量，在喂养水产品的饲料中一般氮磷钾等微量元素含量较高，在出现营养过剩的水体中会造成微生物的大量繁殖，严重的甚至会出现赤潮等现象，造成水体污染严重。最后，沿岸环境退化也会造成一定的水体污染。一般情况下在池塘沿岸都会存在一定面积的湿地系统，湿地系统的存在对水体环境具有较好的保护作用。但是近些年来湿地系统由于被严重破坏使得水体发生污染的危险大大升高。除此之外，由于近些年来外来物种的入侵使得水体原有的生态系统受到破坏。
不同于传统水产养殖方法，有机水产养殖对环境问题关注较多。在进行有机水产养殖过程中尽可能的降低人工干预，让水产品进行自然繁殖自然生长。即使进行投喂，在对饲料配比上也要进行严格限制。尽量减少氮磷钾等微量元素的添加，避免由于水体营养过程出现污染。
同时，在沿岸设置一定的缓冲区域。主要操作是对已经被破坏的湿地一同进行重新构建，实现湿地系统对水体的保护。
一方面减少水产品多发疾病的传播，另一方面构建较为完整的生态系统，降低对环境产生的影响。第三，避免在水体中进行化学合成药剂的添加，在对鱼类疾病进行防治过程中主要采取的措施是对水体环境进行保护，减少由于污染造成的水体中大量致病细菌的繁殖，降低发生疾病的几率。
在传统水产养殖过程中，养殖者为了追求更高的经济收益，获得更大的水产品产量，经常不顾水体的承载能力对养殖密度进行扩大。过大的养殖密度就会产生过多的排泄物，使水体污染的情况加剧。同时，为了能使养殖的水产品生长速度加快，通常在进行投喂的饲料中进行一些激素和药物的添加，这些激素和药物往往会在养殖的水产品体内残留。虽然可以使水产品的生长速度加快，但是这些激素如果进入人体就会对人体的各个器官造成一定的损害，使得食品安全得不到保障。
不同于传统水产养殖方法，有机水产养殖对环境问题关注较多。在进行有机水产养殖过程中尽可能的降低人工干预，让水产品进行自然繁殖自然生长。即使进行投喂，在对饲料配比上也要进行严格限制。尽量减少氮磷钾等微量元素的添加，避免由于水体营养过程出现污染。同时，在沿岸设置一定的缓冲区域。主要操作是对已经被破坏的湿地一同进行重新构建，实现湿地系统对水体的保护。一方面减少水产品多发疾病的传播，另一方面构建较为完整的生态系统，降低对环境产生的影响。第三，避免在水体中进行化学合成药剂的添加，在对鱼类疾病进行防治过程中主要采取的措施是对水体环境进行保护，减少由于污染造成的水体中大量致病细菌的繁殖，降低发生疾病的几率。
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